Hệ vi khuẩn âm đạo là tập hợp các vi sinh vật cư trú tự nhiên trong âm đạo của người phụ nữ. Đây không phải là tình trạng bệnh lý mà là một phần sinh lý bình thường, đóng vai trò rất quan trọng trong việc bảo vệ âm đạo và duy trì sức khỏe sinh sản. Ở phụ nữ khỏe mạnh, đặc biệt trong độ tuổi sinh sản, hệ vi khuẩn âm đạo chủ yếu gồm các vi khuẩn có lợi, nổi bật nhất là Lactobacillus.