Việc sử dụng kháng sinh rộng rãi đã tác động đến hệ vi sinh vật đường ruột, thường dẫn đến tình trạng loạn khuẩn kéo dài với những hậu quả nghiêm trọng đối với sức khỏe. Kháng sinh không chỉ tiêu diệt vi khuẩn gây bệnh mà còn phá vỡ các quần thể vi khuẩn có lợi, làm giảm đa dạng hệ vi sinh và làm tăng nguy cơ rối loạn chuyển hóa, suy giảm miễn dịch, cũng như nhiễm trùng cơ hội như Clostridioides difficile. Những thay đổi này có thể kéo dài từ nhiều tuần đến nhiều tháng sau điều trị, góp phần tạo nên các thách thức về sức khỏe lâu dài.